Recém-chegado de seu triunfo da CIA no Irã, o governo Eisenhower voltou sua atenção para a Guatemala, onde o regime de esquerda de Jacob Arbenz Guzman nacionalizou 234.000 acres de terras não cultivadas pertencentes ao maior proprietário de terras do país, a United Fruit Company, de propriedade americana, que importava cerca de 60% de todas as bananas que chegavam aos Estados Unidos.
Arbenz também anunciou sua intenção de confiscar outros 173.000 acres de terras ociosas da United Fruit ao longo da costa do Caribe. No final de 1953, Eisenhower deu à CIA a tarefa de organizar uma contrarrevolução na Guatemala. Com a operação real dirigida pelo ex-advogado corporativo de Wall Street Frank Wisner da CIA, a agência lançou uma invasão bem-sucedida da Guatemala, liderada pelo exilado coronel Castilo Armas, que logo derrubou o regime de Arbenz e o substituiu por uma junta militar. O programa de terras Arbenz foi abolido e a maior parte de sua propriedade expropriada foi devolvida à United Fruit Company.
Allen W. Dulles tinha conexões financeiras com a United Fruit e com várias empresas açucareiras que também sofreram expropriação de terras pelo regime de Arbenz. Por vários anos, enquanto sócio da Sullivan & Cromwell, ele foi membro do conselho da J. Henry Schroder Banking Corporation, controlada por Rockefeller. Os membros do conselho da Schroder durante 1953 incluíam Delano Andrews, sócio da Sullivan & Cromwell que havia ocupado a cadeira de Dulles no conselho; George A. Braga, presidente da Manati Sugar Company; Charles W. Gibson, vice-presidente da Air Reduction Company afiliada a Rockefeller; e Avery Rockefeller, presidente da casa bancária Schroder, Rockefeller, & Co. Os membros do conselho da Manati Sugar, entretanto, incluíam Alfred Jaretski Jr., outro sócio da Sullivan & Cromwell; Gerald F. Beal, presidente da J. Henry Schroder e presidente do conselho da International Railways of Central America; e Henry E. Worcester, um executivo recentemente aposentado da United Fruit.
Além disso, a United Fruit era acionista controladora da International Railways, enquanto, como no caso de Beal, a presidência do conselho da ferrovia havia sido ocupada por um funcionário de alto escalão da Schroder. Os laços estreitos entre United Fruit, Schroder e International Railways também podem ser vistos pelo fato de que, em 1959, o conselheiro geral da United Fruit, James McGovern tornou-se chairman do conselho da ferrovia. A International Railway, de fato, transportou a maior parte da produção da United Fruit do interior para o porto da Guatemala. Além disso, o associado próximo de Dulles e também curador do Conselho de Relações Exteriores neste período, e ex-tesoureiro do CRE, foi Whitney H. Shepardson, ex-vice-presidente da International Railways.
Não só isso: Robert Cutler, conselheiro de segurança nacional do presidente na época do golpe contra Arbenz, tinha laços muito estreitos com a United Fruit. O chefe de Cutler na Old Colony Trust, presidente do conselho, T. Jefferson Coolidge, também foi, e mais importante, presidente do conselho da United Fruit. De fato, muitos membros do conselho da United Fruit, uma empresa com sede em Boston, também faziam parte do conselho da Old Colony ou de sua empresa-mãe, o First National Bank of Boston.
Além disso, durante o período de planejamento do golpe na Guatemala, e até alguns meses antes de seu sucesso em 1954, o secretário de Estado Adjunto para Assuntos Interamericanos era John Moors Cabot, um conhecido extremista bélico anti-Arbenz. O irmão de Cabot, Thomas D., era executivo da United Fruit e membro do conselho do First National Bank of Boston.
O Conselho de Relações Exteriores desempenhou um papel importante na invasão da Guatemala. Tudo começou no outono de 1952, quando Spruille Braden, ex-Secretário de Estado Adjunto para Assuntos Interamericanos e então consultor da United Fruit, liderou um grupo de estudos do CRE sobre Agitação Política na América Latina. O líder da discussão na primeira reunião do grupo CRE-Braden foi John McClintock, executivo da United Fruit. O ex-líder do New Deal e Secretário de Estado Adjunto Adolf A. Berle Jr., participante do grupo de estudo, registrou em seu diário que os EUA deveriam dar as boas-vindas à derrubada do governo Arbenz e observou que: “Estou providenciando para ver Nelson Rockefeller (ele próprio Secretário de Estado Adjunto para Assuntos Interamericanos durante a Segunda Guerra Mundial) que conhece a situação e pode trabalhar um pouco com o General Eisenhower.”
Na operação real da Guatemala, o próprio presidente Eisenhower era membro do CRE, assim como Allen Dulles, John M. Cabot e Frank Wisner, o homem encarregado do golpe e vice-diretor de planos da CIA. Das doze pessoas no governo dos EUA identificadas como envolvidas no mais alto nível no caso guatemalteco, oito eram membros do CRE ou seriam dentro de alguns anos. Estes incluíam, além do acima, Henry F. Holland, que sucedeu Cabot no cargo de secretário adjunto de Estado em 1954; Subsecretário de Estado Walter Bedell Smith, um mero diretor da CIA; e Embaixador da ONU Henry Cabot Lodge.
Um relatório público abriu o caminho para o golpe, emitido em dezembro de 1953 pelo Comitê de Política Internacional da Associação Nacional de Planejamento sobre a situação da Guatemala. O chefe do Comitê era Frank Altschul, secretário e vice-presidente do CRE e sócio da casa bancária internacional Lazard Frères, além de diretor do Chase National Bank e presidente da General American Investor Corp., uma empresa em grande parte controlada pelo Lehman Brothers. O relatório Altschul, assinado por vinte e dois membros do comitê, dos quais quinze eram membros do CRE, alertava que “a infiltração comunista na Guatemala” era uma ameaça à segurança do Hemisfério Ocidental e sugeria que provavelmente seriam necessárias medidas drásticas para lidar com essa ameaça.
Dos envolvidos na ação drástica, o secretário de Estado John Foster Dulles, enquanto na Sullivan & Cromwell, já havia representado a United Fruit na negociação de um contrato com a Guatemala. O subsecretário de Estado Walter Bedell Smith, após deixar o governo, tornou-se diretor da United Fruit, assim como Robert D. Hill, que participou da operação na Guatemala como embaixador na Costa Rica. Além disso, o futuro presidente da Guatemala Miguel Ydigoras Fuentes observou que sua própria cooperação no golpe contra Arbenz foi obtida por Walter Turnbull, ex-executivo da United Fruit, que o procurou junto com dois agentes da CIA.